《四库全书》成书后共抄写了七部，分贮于七座专用藏书阁中。分别为北京皇宫文渊阁、盛京(沈阳)老皇宫文溯阁、北京圆明园文源阁、承德避暑山庄文津阁(这四阁均在北方，史称北四阁)及南方的扬州大观堂文汇阁、杭州圣因寺文澜阁、镇江金山寺文宗阁(史称南三阁)。这“北四、南三”七座藏书阁，虽然规模大小和精致程度有所不同，但建筑样式均以宁波天一阁为模板。藏书阁名称中的“渊、源、溯、津、汇、澜”等字，既反映著文化传承的渊源关系，也包含著希望以水镇火的意图。镇江文宗阁的“宗”字虽然没有“三点水”，但出自“百川朝宗归于海”的典故，也有“水”的寓意。扬州文汇阁与镇江文宗阁及阁内贮藏的两部《四库全书》，在太平天国期间，于咸丰三年(1853年)毁于战火。

　　杭州文澜阁也在1861年毁于战争。文澜阁本《四库全书》损毁过半，后由杭州藏书家丁氏兄弟组织人力赴北京抄补得以续全，但因原书只存一半，故有半部之称。此书现藏浙江省图书馆。现在的杭州文澜阁是光绪六年(1880年)重建的。

　　故宫中的文渊阁，在午门内的文华殿北侧，如今已是书去楼空。文渊阁本《四库全书》，是七部书中成书最早的一部。此书现存台北故宫博物院。

　　圆明园文源阁及阁内贮藏的文源阁本《四库全书》于咸丰十年(1860年10月18日)被英法联军火烧圆明园时焚毁。

　　沈阳文溯阁，在沈阳故宫内，文溯阁本《四库全书》，在1966年10月移交甘肃省图书馆保存。

　　承德文津阁，在避暑山庄内。袁世凯任民国总统期间，内务部为在故宫前半部开办古物陈列所，下令将避暑山庄的文物调运北京。

　　1931年6月25日，国立北平图书馆在北海西侧建成，文津阁本《四库全书》移入图书馆新楼贮藏，图书馆门前的街道也因此命名为文津街，并沿袭至今。1987年，国家图书馆在紫竹院建成，文津街的老北图更名为国图分馆，所藏文津阁本《四库全书》也移至国图新馆的文津厅内收藏。

　　文津阁本《四库全书》共计36，304册，贮书所用的6，750个木制书函和128个木质书架，均为乾隆时期的避暑山庄文津阁原物。国家图书馆与商务印书馆不久前合作影印出版的《四库全书》，就是以文津阁本为原本影印的。

　　至于当年纪晓岚等人编纂的《四库全书》底本，原收藏于清代翰林院。翰林院旧址就在今东长安街公安部院内。1900年义和团进攻东交民巷使馆区时，翰林院及《四库全书》底本一同毁于战火。(来源：大公网)