福建南少林是与北少林嵩山少林寺齐名的南少林流派之代表。根据近年来的一些历史和考古专家发掘研究，确认福建共有三座南少林寺，它们分别为：莆田、泉州、福清三座南少林寺院。

　　其中，创寺最早的莆田南少林寺，据《兴化府志》记载：莆田南少林寺原名“林泉院”，建于南朝陈永定元年(公元557年)，比莆田置县早11年，较嵩山少林寺晚建61年。其次为泉州少林寺，据《晋江县志》与《泉州府记》记载：泉州少林寺建于唐乾符(公元874-879年)中年，原名“镇国东禅少林寺”，今名“东禅寺”。至于福清南少林寺，在一些史书如《八闽通志》、《三山志》以及清乾隆皇帝钦定的《四库全书》中虽有记载"福清少林"字样，却无详细的文字记载其创建时间，故此，笔者在此也只能根据在福清南少林寺遗址所挖掘的文物来评估，福清南少林约创建于宋代，至今最少有一千余年的历史。

　　莆田南少林寺：“寺因武显，武以寺名”

　　唐初李世民即位后，反叛路得才等聚众沿海、夜集明散、沦为海盗，闹得沿海一带民不聊生。太宗皇帝命已敕封为大将军的北少林寺昙宗方丈率僧兵到沿海对付这群海盗，昙宗便派道广和尚和僧丰、僧满三人带五百僧兵前往福建沿海，平定了海盗，同时在当地广度有情，收下不少大乘禅宗弟子，经太宗皇帝恩准，便在福建莆田九莲山建起了南少林寺。南少林寺在反清复明斗争中与天地会有着千丝万缕的关系，南少林寺武僧所具有的强烈的疾恶如仇、除暴安良的忠义精神，曾受到民众的推崇。

　　在反清复明斗争中，莆田南少林寺被清兵所焚毁；现已重建一新。“寺因武显，武以寺名”。南少林寺是南拳的发祥地，当时此寺习练少林南拳武风极盛，并广泛流传民间。千百年来，“南拳北腿”在我国已形成了鲜明的南北武术流派，南少林武功已远播五洲，名扬四海。

　　在反清复明斗争中被清兵焚毁的南少林寺蒙尘近三百年后，其中心寺院林泉院遗址于1986-1988年国家文物普查中被发现。莆田市在西天尾镇北部层峦叠嶂中的九莲山麓发现一处古建筑遗址，以及五口建造于北宋年间的大型花岗岩石槽残碑、石柱等，学者们从石槽长226厘米、宽100厘米，槽旁刻有“诸罗汉浴煎茶散”字样，判断这是僧兵治疗伤病用的石槽，又从残碑、石柱上的“林泉院”、“寺山界”字样，最引人注目的是那口重达数千斤的宋代石槽，槽上刻有“当院僧兵永其佳其合共造石槽一口”，推测此遗址可能是南少林寺遗址。

　　九莲山南少林寺海拔500多米，地形酷似河南的山间盆地，居九华山脉中段，地势十分险要，是理想的兵家用武之地。山间盆地小平原，耕植可以自给，大本营离各个隘口不过数里之遥；且坡度平缓，如有军情，到隘口凭险据守不过片刻功夫。从地理形势上看，林山实在是个易守难攻的藏龙卧虎之地。寺区周围有朱山、樟江、寨头等10多个山寨。目前各寨遗址均存。山头尾和梧桐山还有高三、四十米颇为壮观的山涧瀑布。少林寺遗址正处在九莲山盆地的中心，寺院的基地有两面三刀万多平方米，十方丛林的气度可想而知。清初，南少林寺因在反清复明斗争中与天地会有着千丝万缕的联系，清王朝深为忌恨，遣兵焚毁，莆田南少林寺从此湮没于历史烟尘之中。

　　这一重大发现在1989年11月福建省武术协会莆田会上书面公布后，在国内外引起了巨大的反响，当年12月3日成立了莆田市南少林研究会，开始系统的有组织的研究。

　　1992年4月25日在北京人民大会党举行了南少林寺遗址论证会暨重建南少林寺新闻发布会。1998年春经福建省人民政府同意重建莆田南少林寺，首期工程开发投入八千多万元，已全部竣工并正式对外开放。

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