为进一步推动开发型科研机构进入市场，经国务院批准，科技部、国家经贸委等12部委局于1999年2月联合发布《关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构管理体制改革的实施意见》，决定对10个国家局所属的242个科研机构实施管理体制改革，具体方式可以自主选择，包括转变成科研型企业、整体或部分进入企业和转为技术服务与中介机构等。经国家批准继续保留事业单位性质的少数科研机构，也要引进科技型企业运行机制。
    
    到2000年年底，242家科研院所的转制工作已经完成，有131个院所进入企业(集团)；40个院所转为科技类企业，实行园地化管理；18个院所保留事业单位性质，转制为中介机构；24个院所并入学校、化转其他部门或撤并；12个(涉及29个院所)转为中央直属大型科技企业。10个产业部门所属242个科研机构整体转制。这是中国科研院所体制改革的一项重大举措。2000年，又有国务院11个部委管理的134个技术开发类科研机构完成企业化转制。
    
    与此同时，全国2000多家应用型地方科研机构也在2000年年底前完成了向企业化转制工作。在推进技术开发类科研机构向企业化转制的同时，公益类科研机构的改革也在2001年拉开帷幕，涉及36万人的社会公益类科研机构分类改革工作逐步展开，首批4个部门102个科研机构的改革工作已在进行中。在这个过程中，一批研究院不仅顺利完成转制，而且还在此基础上涌现出一大批科字头的上市公司，知识和资本结合得愈加紧密。名片换了，称呼改了，所长变成了董事长或者总经理，“市场”成为决定科技发展的关键性因素。专家们认为，以中央直属242个科研院所全部实现企业化转制为标志，中国科技体制改革已经进入到一个从微观到宏观、从机制改革到结构调整、从封闭运行到开放重组的新阶段。（