“九五”期间，中国共育成了水稻、小麦、玉米等18种主要农作物优质、高产、多抗新品种411个；获国家后补助品种276个；创造出719份优异育种材料；主要农作物241份优异种子的鉴定、筛选、创新及利用；形成了一批育种新技术、新方法；育成新品种和"后补助"新品种累积推广应用面积39.9亿亩，创造社会经济效益1358亿元。
    
    新品种选育在保持高产的前提下，注重了品质的提高。例如：与泰国名牌大米相媲美而产量是泰国米两倍的水稻新品种中香一号；综合品质已达美国与加拿大优质小麦标准的面包小麦济南17、中优9507、垦农14、94-4083；在全国油菜区试增产18%而硫甙、芥酸含量达到国际先进水平的中油杂2号；高油玉米吉油1号；高脂肪含量、高干豆腐出产率、高干豆乳生产率的优质大豆南农88-31等。
    
    在继续发挥常规技术潜力的基础上，强化了生物技术与常规技术的结合，提升了中国整体的育种水平。分子标记辅助选择、基因工程等生物技术广泛应用，拓宽了有利基因的应用范围，实现了目标基因定向转移，推进了表现型、形态型向生理型的两个重大转变。其次，在农作物杂种优势利用方面，初步培育出超级稻，通过远缘杂交获得油菜萝卜雄性不育恢复材料Ad6-96，在世界上首次解决了萝卜型细胞质育性恢复的技术问题。国内首次发现甘蓝雄性不育基因CDMs399-3，并选育出显性不育材料及细胞质不育材料，用其组配的新品种已通过全国品种审定。创造了结球白菜雄性不育系977002（MS5）和不结球雄性不育系97A11-29（MS8）等优质不育系材料，其不育度和不育株率均为100%，居国际先进水平。