水资源短缺已成为中国经济和社会发展的严重制约因素，而同时随着水污染加剧和水环境恶化，进一步减少了可利用的水资源。针对这一严重情况，“九五”期间水利在加强基础设施建设的同时，加大了对防治水污染和水环境的保护领域科学研究的力度。六大江河和若干湖泊的治污研究全面展开，取得了污染物种类、含量分布，污染机理、规律和危害程度，水质自动监测方法和防治污染对策措施等一大批高水平的成果。
    
    泥沙对黄河水质影响及重点河系水污染控制的研究，对多沙河流水资源保护具有重要推广应用价值，其中黄河泥沙对重金属及有毒有机物影响的研究和泥沙同有毒物相互作用的水质模型研究达到国际领先水平。
    
    长江干流主要城市江段近岸水域水环境质量状况的研究，对长江干流近岸水域主要污染物种类、含量和分布、沉积物污染的特征和规律进行了客观和科学地评价，首次确定了干流污染带长度，为长江流域水资源管理和保护提供了重要依据。
    
    六大流域入河排污口调查研究对海河、淮河、松辽、黄河、长江、珠江六大流域854座县以上城市的10317个排污口排污情况进行了调查，获得100多万个数据。采用系统分析综合评价方法，研究了排污规律，分类排序列出了严重污染区域，分析了中国江河水域的污染状况、造成的经济损失以及污染发展的趋势，为中国江河水域的污染防治提供了重要的科学依据。
    
    另外，“长江三峡施工区环境保护实施规划”开创了中国大型水利工程施工区环保工作的先河。"滇池水动力特性与水质保护措施研究"、"太浦河开通后对黄浦江上游水环境影响及对策研究"等均具有创造性，研究成果总体上达到国际先进水平。