据新华网报道，参与发掘工作的陕西省考古研究所副研究员张博说，经过一年多的考古发掘，萨迦寺的基本形制已经清楚。“修建于1268年的南寺是一座有两重城墙的城堡式寺院建筑，其完整的立体防御功能具有汉地建筑特点，是那个时代汉藏文化紧密相连的见证。”他说。

　　萨迦寺南寺是“萨迦五祖”之一的大元帝师八思巴委派人修建的。作为由萨迦寺走出的第一位元朝帝师，八思巴不仅使西藏顺利纳入祖国版图，还总领全国的佛教事务，在西藏历史上发挥了巨大作用，对中国多民族统一国家的建立做出了重要贡献。

　　考古人员对萨迦南寺的外城墙、护城河壕沟和两座城门进行了清理发掘，发现外城墙与护城河壕沟实际上是一个整体建筑，底铺卵石的护城河壕沟呈倒梯形，内外两侧平行且均有石头砌成的坚固护坡，外城墙则直接修建在护城河壕沟内侧之上，与高大的内城墙相配合，构成了一套完整的立体防御系统。

　　“建有防御系统在藏区的寺院、宫殿建筑中是没有的，而在汉地平原的城市建筑上却十分普遍。”张博说：“八思巴跟随元朝皇帝忽必烈长期在汉地生活，因此，他创建的这个寺院吸收了内地平原城市的建筑特色。”

　　除南寺外，考古人员还对时代较早的萨迦北寺进行了考古发掘。北寺最初是由吐蕃贵族昆氏家族1073年修建在仲曲河北岸的温波山南坡，经元代的大发展成为包括拉康(佛殿)、贡康(护法神殿)、颇章(宫殿)等在内的建筑群，多毁于20世纪60年代。

　　站在海拔4300多米的确颇章的宫殿遗址上，主持考古发掘工作的陕西省文物考古研究所副所长张建林说：“这个遗址位于北寺的偏西侧位置，其内建筑分别是萨迦法主的寝宫、护法神殿和藏药作坊，它们的年代最早可至唐代中晚期，相当于吐蕃晚期，这里出土的部分文物具有明确的汉藏交流特点，如一枚金刚铃上铸造着汉文与藏文的两行明确纪年‘明永乐年制’。”

　　记者看到，法王寝宫已成断壁残垣，但建筑中的鎏金铜无量寿佛墙确是元朝的文物，尤其是寝宫中央的一个巨大天井，石头砌面，透露着与内地天井相同的意趣；护法神殿里排列着六七座护法神的塑像残部，其显、密双修的宗教仪轨十分明显。

　　登上一米多高的用酥油打制的“水泥地面”，张博副研究员说：“这是法王居住的地方，历经千年仍十分平整。考古显示这是一座二层楼建筑，法王就在这里监督藏药的制作情况。”

　　萨迦寺是西藏正式并入元朝的历史见证。元太宗时阔端王与萨迦寺法王萨班1247年举行了著名的“凉州会议”，议定西藏归顺蒙古汗国(元朝)的条件。萨班的侄子八思巴1270年因创制“蒙古新字”即八思巴字被升号为大元帝师。自此，萨迦派十余代法王皆充任元朝帝师，由此形成一种帝师制度。

　　张建林说，萨迦派与元朝皇帝的密切关系也使藏文化迅速推广。北京是元、明、清三代的国都，八、九百年来藏族喇嘛在此传教修行的为数不少。作为藏文化的重要传播地，北京保存了极其丰富的藏族文化遗产。如白塔寺的白塔就是元朝第一帝师八思巴的随员尼泊尔人阿尼哥设计兴建的。