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“带着理念的改革，代表着未来，是大势所趋，是人心所向，我们个人不过是顺应历史发展，克服一些困难、妥善处理一些矛盾，和大家共同前进。”
饶毅或许没料到，自己管辖的北大生命科学学院学科发展的问题，竟会在博客这一公众平台上引来讨论。
10月11日，北大生科院退休教师崔克明在自己的博客上发表了《饶毅院长，刀下留人，请勿将基础学科赶尽杀绝》的文章，内容涉及饶毅对生科院学科改革的建议。10月17日，饶毅也相应地在自己的博客上作了回复。
自2007年9月任北大生科院院长以来，饶毅采取的一系列改革措施便深受公众关注。当《科学时报》记者问及“在改革过程中，您是否是个‘孤独’的人”时，饶毅说：“学校有明确的规章制度支持学院的改革。校内、校外，院内、院外，都有人支持，所以并不孤独。”
但饶毅也坦言，改革过程中最难的事情，很不好说，至少不好现在说，要等几十年后回顾。
回答崔克明老师，并不是饶毅上任后第一次公开承担责任。2007年12月，美国耶鲁大学老师在北大上课后，在媒体上公开批评北大学生舞弊。饶毅一改国内单位对批评置之不理和百般否认的常规处理方法，在第一时间公开回应，一边承认北大学生的错误、欢迎外界批评，并和校领导直接征求耶鲁教授的意见；一边和学院老师仔细做学生工作，使学生能从失误中总结经验教训，重新站起来。
致力于革新
在美国留学至工作，饶毅就因为研究神经发育的分子生物学而闻名于科学界。但对于中国公众来说，对饶毅的认识或许更多的是因为他对科学文化有许多自己的见解。
饶毅发表过多篇有关科学、文化和社会的文章。他对中国科技体制改革、研究生教育的精辟分析，引起了海内外学者、公众的广泛注意。
2007年9月，饶毅正式担任北大生科院院长。饶毅当时提出，希望再经过几代人的努力，能使北大生物学成为世界一流。他强调，生科院新的领导班子的中心任务是为学生、教师提供支持和服务。他很快组成几个委员会，调动全学院教授的积极性，参与学院管理。对于教授资源分配，他要求先制定合理的制度，再根据发展需要来支持教授们的工作。
新上任不久，饶毅就在北大发起了“展望事业，探讨人生”的系列讲座，并亲自邀请部分演讲者。2007年10月19日，受饶毅邀请，美国得州大学西南医学中心终身讲席教授、美国科学院最年轻的院士之一王晓东首先开讲。
而在饶毅的设计中，今后数年，北大生科院还将陆续邀请多位国内外著名科学家和专业人士前来讲座。已经演讲的人中，不乏“两弹元勋”周光召，少年班最成功的科学家、斯坦福大学教授骆利群，百度共同创办者徐勇等有影响力的科学家、企业家。
打开北大生科院的网站主页，最多的内容是各种学术报告信息、讲座信息以及生命科学学界的名人小传。这种全新的局面无疑受到饶毅革新思想的影响。
