1938年冬，傅作义参加了国民政府军事委员会在陕西武功召开的军事会议，他接受了第八战区副司令长官的任命，指定在绥西河套地区设立副司令长官部。从此，他脱离了阎锡山的晋军体系。

　　1938年2月，傅作义在五原设立了第八战区副司令长官部。4月，毛泽东主席派南汉宸、肖克、曾三、续范亭去五原，与傅作义多次密谈合作抗日事宜。5月，傅作义亲自主持在百川堡举办的“抗日建国讨论会”。先后举办了五期，历时三个月余，统一了思想认识，坚定了抗日必胜信心，确立了军政民一体的领导体制，实行了全民总动员，对以后傅部及所辖区域的抗日工作发挥了重要作用。

　　可是，“抗建会”却引起国民党中央的非议，派中央委员姚大海胁迫排除傅部内的共产党员。陈诚也秉承蒋介石的旨意，致电傅作义：说三十五军前政治部组织科长系共产党员，现任组织科长也系共产党员，望你们调动他们的工作，监视他们的行动……阎又文看到此电后，将此电给时任组织科长的鲁志浩同志看了。在此紧急形势下，傅作义只得将各军政机关中共党员安全礼送回延安。潘纪文同志撤退前没有来的及妥善安排，与阎又文失去了组织联系。但是，阎又文同志牢记我党对隐蔽战线工作提出的“隐蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的十六字方针，依然按照一个共产党员应该发挥的作用，进行活动，真正做到了“白皮红心”！

　　在长达八年的抗日战争中，阎又文没有进行党派活动，一直是忠心耿耿，全心全意为傅作义出谋划策，使傅部打胜每一仗。所以说，在傅部与日军打的290多次战斗中，“七•七”事变后的每一仗，都浸透着阎又文的汗水、智慧和心血。在著名的收复五原战斗中，阎又文身先士卒，英勇作战，负了重伤，身上一直留有日军的弹片。阎又文的忠心与勤奋，也得到了傅的承认和回报，从机要秘书提拔为政治部副主任，傅部机关报《奋斗日报》社社长，可是随身秘书的工作和角色依然没有丝毫改变。

　　代傅起草致毛檄文

　　1945年6月，蒋介石下令，升任傅作义为第12战区司令长官。8月11日，傅正式就职，并且成立了“国民党第12战区复员委员会”。8月15日，日本宣布向盟军投降。傅作义自恃是12战区司令，绥远省主席，是正统的受降者，他秉承蒋介石的旨意，在陕坝下令所属各部，向绥东挺进，准备以武力扫平东进道路，到绥远、察哈尔、热河去受降。

　　可是，中共领导的绥蒙军区军队，抗战期间长期在大青山和日、伪军作战的李井泉支队，已经根据朱德总司令的受降命令，就近命令归绥、包头的日军投降，并已解放了平绥线上的集宁、丰镇、武川、和林、固阳、托县等城和毕齐克、察素齐等重镇。傅部却配合伪蒙疆部队，抢占包头、归绥，还攻陷了我军已经解放了的绥远其他城镇，这就导致了傅部与我军的直接冲突。就在此时，中央派人与阎又文同志接上了关系。

　　作为中共党员的阎又文，看到傅作义部队从中共领导的人民军队手中夺取胜利果实的行动，对傅作过多次劝说，让傅慎重从事，注意后果，不要把部队带到绝路上。头脑发热的傅作义，那能听进去别人的劝告。阎又文只能通过地下交通，把傅部的一些行动计划报告给党。10月中旬，傅作义向阎又文交办了一件事：写一个致毛泽东的公开电，指责共产党放了打内战的第一枪！战争的烟云又把阎又文推到了内战的风口浪尖。

　　写个电报，本来手到即成，可是这个电报，把阎又文愁坏了。写吧，这明明是在编瞎话，骗人民！不写吧，这是自己份内之事，根本无法拒绝。思来想去，只有请示组织了。

　　周恩来指示：“公开电要骂得狠些，要能够激起解放区军民义愤，要能够导致傅作义狂妄自大！”

　　10月26日，重庆版的《中央日报》，公布了这个公开电，特大字的标题为：傅作义电毛泽东

　　披肝沥胆指陈共军相迫太甚

　　切望慎处勿负挑动内战恶名

　　傅作义企图把挑起内战的责任推给共产党，借此争取主动。此电刊于《中央日报》后，国民党各地区报纸，进行了转载，虽然一时迷惑了一些不明真相的人，可是不能尽掩天下人的耳目。在傅身边工作了多年的参谋和政工人员，他们也持有相反的看法。